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// The Computer Language Shootout
// http://shootout.alioth.debian.org/
//
// contributed by Jesse Millikan
// Base on the Ruby version by jose fco. gonzalez

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GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA\n\
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GGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCA\n\
GGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAA\n\
TTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG\n\
AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA\n\
GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT\n\
AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC\n\
AGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTG\n\
GTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC\n\
CGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAG\n\
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TGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACA\n\
TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCT\n\
GTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGG\n\
TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGT\n\
CTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG\n\
CGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCG\n\
TCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTA\n\
CTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCG\n\
AGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCG\n\
GGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACC\n\
TGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA\n\
TACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA\n\
GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT\n\
GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTC\n\
ACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGT\n\
TCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGC\n\
CGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCG\n\
CTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTG\n\
GGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCC\n\
CAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCT\n\
GGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGC\n\
GCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGA\n\
GGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGA\n\
GACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA\n\
GGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG\n\
AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAAT\n\
CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCA\n\
GTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA\n\
AAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGC\n\
GGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCT\n\
ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGG\n\
GAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATC\n\
GCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGC\n\
GGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGG\n\
TCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAA\n\
AAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAG\n\
GAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACT\n\
CCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCC\n\
TGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAG\n\
ACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGC\n\
GTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGA\n\
ACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGA\n\
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CTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCA\n\
ACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCG\n\
CCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGG\n\
AGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTC\n\
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AGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACC\n\
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CTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAG\n\
CCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGG\n\
CCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATC\n\
ACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAA\n\
AAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGC\n\
TGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCC\n\
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AGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATT\n\
AGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAA\n\
TCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGC\n\
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TCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAG\n\
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AATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTT\n\
GCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCT\n\
CAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCG\n\
GGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTC\n\
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CAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGG\n\
CAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGC\n\
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GGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCT\n\
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CGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCA\n\
GCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGG\n\
CCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGC\n\
GCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGG\n\
CGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGA\n\
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ACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCC\n\
CAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGT\n\
GAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAA\n\
AGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGG\n\
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CCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCC\n\
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AGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCG\n\
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AGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGT\n\
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AGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCA\n\
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CGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTC\n\
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GGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGAT\n\
CGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCG\n\
CGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAG\n\
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AAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCA\n\
GGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCAC\n\
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GAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACT\n\
CCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCC\n\
GAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAAC\n\
CCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCA\n\
GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGA\n\
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GCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGAT\n\
CACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTA\n\
AAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGG\n\
CTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGC\n\
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GCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAG\n\
GAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAT\n\
TAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGA\n\
ATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAG\n\
CCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTA\n\
ATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCA\n\
GCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGG\n\
TGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCC\n\
GGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGA\n\
GCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTT\n\
GGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACAT\n\
GGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTG\n\
TAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGT\n\
TGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTC\n\
TCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGC\n\
GGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGT\n\
CTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTAC\n\
TCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGA\n\
GATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGG\n\
GCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCT\n\
GAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAT\n\
ACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAG\n\
GCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTG\n\
CACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCA\n\
CGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTT\n\
CGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCC\n\
GGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGC\n\
TTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGG\n\
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AGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTG\n\
GCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCG\n\
CGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAG\n\
GCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAG\n\
ACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAG\n\
GCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGA\n\
AACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATC\n\
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TGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAA\n\
AAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCG\n\
GATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTA\n\
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AGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCG\n\
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GTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGT\n\
CAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAA\n\
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ATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTG\n\
CAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTC\n\
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GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA\n\
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GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT\n\
GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTC\n\
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GGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCC\n\
CAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCT\n\
GGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGC\n\
GCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGA\n\
GGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGA\n\
GACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA\n\
GGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG\n\
AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAAT\n\
CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCA\n\
GTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA\n\
AAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGC\n\
GGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCT\n\
ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGG\n\
GAGGCTGAGGCAGGAGAATC\n\
>TWO IUB ambiguity codes\n\
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taagctaccacttctatgatacaccaatagttgttctacggaatctgataattggccaag\n\
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tacctaaactgatcgccgtatcctagtagtttgaaatttgatgtaccgtaatgatcaacg\n\
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taactctcatatgttttatataacttcccaatcacgacttgtaactgcttgttcgactga\n\
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gaaagcacatttgttgggagttctggctacactcatagagaaataagtggcccgagtggg\n\
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tgaagttaattttcatatccagtgaagtttaggcacaagcatgtgttctgccacatgcct\n\
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aaatatagaaggaatgattcggcgagttaattttcgccttctccaacatggcatccctac\n\
gttcgttataaggaccatacatgtaggttttaaaggtttgcggttaatcgatatttacat\n\
catagaaattctatagtcaaatttacaagactctagatactcactcgttgcagccggcta\n\
ggaagcgctttgtaccttacttcccttttcgttgcgtaatatgaatttcatatagtaagt\n\
tcaaggcactcatacctccgtgaagagggtagatagactattaaagttgtttaatagtac\n\
gtattgatggaaatgacccgtaggagatttaccactcaatccacaagattcgctgctgtg\n\
cattatcaaaacagtgcatgtcgaaacatgggttgggtccttcaaacacgaatccaggta\n\
gagatacctttgcaattttt\n";

dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;

var ilen, clen,
 seqs = [
  /agggtaaa|tttaccct/ig,
  /[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/ig,
  /a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/ig,
  /ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct/ig,
  /agg[act]taaa|ttta[agt]cct/ig,
  /aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/ig,
  /agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/ig,
  /agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,
  /agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],
 subs = {
  B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',
  M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',
  V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }

ilen = dnaInput.length;

// There is no in-place substitution
dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")
clen = dnaInput.length

var dnaOutputString;

for(i in seqs)
    dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";
 // match returns null if no matches, so replace with empty

for(k in subs)
 dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k]) // FIXME: Would like this to be a global substitution in a future version of SunSpider.
 // search string, replacement string, flags